Obszar Natura 2000 „Jeziora Pszczewskie i Dolina Obry” jest terenem ważnym dla fauny związanej z siedliskami wodno-błotnymi. Najliczniejszymi chronionymi przedstawicielami królestwa zwierząt w tym obszarze są ptaki, w szczególności ptaki gniazdujące - zimorodek, orlik krzykliwy, bąk, bocian biały, bocian czarny, błotniak stawowy, derkacz, dzięcioł czarny, żuraw bielik, lerka, kania czarna, kania ruda, trzmielojad, jarzębatka oraz migrujące - krzyżówka, głowienka, czernica, gągoł, łyska, nurogęś, perkoz dwuczuby. W granicach obszaru występują inne gatunki zwierząt wymagające ochrony, należą do nich bóbr, wydra europejska, kumak nizinny. Innymi ważnymi gatunkami roślin i zwierząt występujących na obszarze są: płazy - ropucha zielona, rzekotka, grzebiuszka ziemna, gady - zaskroniec zwyczajny, rośliny - buławik czerwony, storczyk szerokolistny, rosiczka okrągłolistna, kruszczyk błotny, pełnik europejski.